Шефер перешел в Нюрнберг еще в 2001 году из Любека, а в ноябре 2002 года дебютировал в составе первой команды.

С тех пор 38-летний голкипер провел за немецкий клуб 388 матчей во всех турнирах, сохранив свои ворота "сухими" в 110 случаях.

В 2007 году Шефер в качестве капитана привел Нюрнберг к победе в Кубке Германии, после чего отправился в Штутгарт, но уже сезон спустя вернулся в Нюрнберг.

После завершения игровой карьеры Шефер останется в Нюрнберге, где будет работать тренером вратарей.