В 1989 году депортация была признана Верховным Советом СССР незаконной и преступной. 12 ноября 2015 Верховная Рада Украины признала депортации из Крыма в 1944 году геноцидом крымцев и провозгласила 18 мая Днем памяти жертв геноцида крымскотатарского народа.

Несмотря на то, что представители крымскотатарского народа воевали в рядах Красной Армии и даже участвовали в партизанском движении, основанием для депортации стало обвинение в сотрудничестве с Третьим Рейхом. В постановлении Государственного комитета обороны СССР № ГОКО-5859 от 11 мая 1944 о выселении крымчан было отмечено, что депортации проводят по следующей причине:

«В период Отечественной войны многие крымские татары изменили Родине, дезертировали из частей Красной Армии, обороняющих Крым, и переходили на сторону противника, вступая в сформированные немцами добровольческие татарские воинские части, боровшиеся против Красной Армии; в период оккупации Крыма немецко-фашистскими войсками, участвуя в немецких карательных отрядах, крымские татары особенно отличились своими зверскими расправами по отношению к советским партизанам, а также помогали немецким оккупантам в деле организации насильственного угона советских граждан в германское рабство и массового истребления советских людей».

Крымские татары, которые воевали в частях Красной Армии, после демобилизации также были подвергнуты депортации. Известны исключения, когда отдельных офицеров из числа крымчан не было выслано к месту депортации как спецпереселенцев, однако им было запрещено жить в Крыму. Всего за 1945-1946 годы в места депортации был сослан 8995 крымских татар-ветеранов войны, в том числе 524 офицера и 1392 сержанта. В 1952 году (после голода 1945 года) только в Узбекистане насчитывалось, по данным НКВД, 6057 участников войны, многие из которых имели высокие правительственные награды.

Операция по депортации началась рано утром 18 мая 1944 года и закончилась в 16:00 20 мая. Для ее проведения были задействованы войска НКВД численностью более 32 000 человек. Депортированным отводили от нескольких минут до получаса на сборы, после чего их на грузовиках транспортировали к железнодорожным станциям. Оттуда эшелоны с ними отправляли в места ссылки. По воспоминаниям очевидцев, тех, кто сопротивлялся или не мог идти, часто расстреливали на месте. В дороге ссыльных кормили редко и часто солёной пищей, после которой хотелось пить. В некоторых эшелонах ссыльные получили еду первый и последний раз на второй неделе пути. Умерших хоронили наспех рядом с железнодорожным полотном или не прятали вообще.

Некоторое время после выселения крымских татар среди остального населения были распространены панические настроения. Многие боялись, что вскоре депортируют и всех остальных. Особенно усилились эти настроения после депортации в июне 1944 года крымских армян, болгар и греков.

После депортации крымских татар в Крыму двумя указами от 1945 и 1948 годов было переименовано все (за исключением Бахчисарая, Джанкоя, Ишуни, Сак и Судака) поселения, названия которых имели крымскотатарское происхождение (более 80% от общей численности поселений Крыма).

Ежегодно 18 мая в мире отмечают память жертв депортации крымчан. В Украине с 2014 года этот день официально отмечают День борьбы за права крымскотатарского народа, а с 2016 года – День памяти жертв геноцида крымскотатарского народа.