В 1944 году во главе группы по заданию Центра Ботян отправился в Львов, а затем в Краков. Целью группы была разведка расположения и передвижения немецких войск, готовилась почва для продвижения советских войск. Ботян сумел наладить взаимодействие с совершенно разными политическими силами, как части Армии Крайовой, Армии Людовой и крестьянскими Батальонами Хлопскими.
В конце 1944 года группа захватила немецкого инженера – картографа Зигмунда Огарека. От него и стало известно о складе взрывчатки в одном из замков и плане взрыва мостов и исторической части древнего Кракова, Рожновской плотины и мостов через Дунаец. Изначально в задании группы спасение Кракова не значилось. В замок под видом грузчика был внедрен польский патриот, который установил мину замедленного действия, которая и уничтожила склад. Так что в январе 1945 склад был взорван, а войска 1-го Украинского фронта под командованием Конева вошли в невзорванный Краков, где немцам удалось взорвать лишь несколько мостов через Вислу. А в городе Илжа на памятнике наряду с польскими именами красуются и имена бойцов из группы Ботяна – они совместно с подразделениями Армии Людовой освободили из тюрьмы польских патриотов и захватили изрядное количество оружия и снаряжения. А последние месяцы войны группа Ботяна уже работала на оккупированной части Чехословакии.
С 1947 года Ботян работал в Чехословакии, где легализировался под видом рабочего-чеха, работал слесарем и даже учился Высшей промышленной моторостроительной школе. Пройдя натурализацию, переведён на урановые рудники в Яхимов. Позже он выезжал в командировки в разные страны, но сведения об этих заданиях пока засекречены. Консультировал создание группы «Вымпел». В 1983 вышел в отставку в звании полковника, но в качестве гражданского специалиста продолжал работать в органах КГБ до 1989 года. В 2007 году «за мужество и героизм, проявленные в ходе операции по освобождению польского города Кракова и предотвращению уничтожения его немецко-фашистскими захватчиками в период Великой Отечественной войны 1941—1945 годов» полковнику Ботяну было присвоено звание Героя Российской Федерации с вручением медали «Золотая Звезда».
Кроме этого Ботян был награжден двумя орденами Красного Знамени, Орденом Отечественной войны, множеством медалей, имеет и высшую награду Польши Орден Виртути Милитари. Это сейчас Варшава словно забыла о том, кто спас красивейший город страны, участие в этом группы Ботяна отрицается.
Много лет прошло, в 2013 году не стало жены Ботяна. Но есть дочь, внуки и правнуки. Свое долголетие Алексей Ботян объяснял так: не курил, никогда не унывал, а если малость мог выпить, то только белорусский самогон.